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// mssonly
* 共通計算機の使用マニュアル [#v27ed8ef]

*** MSSプロジェクト計算機ネットワーク[10.249.84.0/255.255.255.0]への到達方法 [#g6ec5bf2]

- まず、GWマシン anago.cheme.kyoto-u.ac.jp [133.3.134.16] へssh
- 次に、anagoから ebi [10.249.84.201] へssh
- ebi からGrid Engineを使用して計算ジョブを投入


*** tako**へのジョブの投入 [#r4fd19d7]

-キューの種類 (オプション -q で指定)
~''small.q''  : 主にシングルCPU計算用。使用するノードはtako01--03。 
~''middle.q'' : 並列計算用。OpenMPとMPIに対応。16CPU以下であれば使用するCPUの数に特に規定はなし。並列環境オプション( -pe ) はそれぞれopenmp, mpi(予定)。 ノードはtako04, 05。
~''large.q''  : 大規模並列計算用。OpenMP, Cluster-OpenMP, MPIに対応。CPUの数は必ず''8の倍数''に設定する。並列環境オプション( -pe )はそれぞれopenmp-8, cluster-openmp-8, mpi-8(予定)。ノードはtako00,06--09,0a。

-スクリプトファイル
>middle.qで4CPUのOpenMPの計算を投げる場合
    #!/bin/csh
    #$ -N username              #ジョブ名の指定
    #$ -cwd                     #カレントディレクトリでジョブを実行
    #$ -j y                     #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
    #$ -q middle.q              #使用キューの指定
    #$ -pe openmp 4             #並列環境と使用プロセス数の指定
    # run
    ./a.out
>large.qで24CPUのCluster-OpenMPの計算を投げる場合
    #!/bin/csh
    #$ -N username              #ジョブ名の指定
    #$ -cwd                     #カレントディレクトリでジョブを実行
    #$ -j y                     #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
    #$ -q large.q               #使用キューの指定
    #$ -pe cluster-openmp-8 24  #並列環境と使用プロセス数の指定
    # make initial file
    echo -n "--hostlist=" > kmp_cluster.ini
    awk '{ printf $1"," }' $PE_HOSTFILE >> kmp_cluster.ini
    echo "--process_threads=8" >> kmp_cluster.ini
    # run
    ./a.out

-ジョブの投入と管理
~''qsub'': ジョブの投入コマンド。例えば，スクリプトファイル run.csh を投入する場合
    qsub run.csh
~''qstat'': ジョブの状態を確認。
~''qhost'': ノードの状態を確認。


*** Intelコンパイラのバージョンアップメモ [#m8dddb11]

- C++ for Linux、Fortran for Linux、Cluster Tool Kit for Linuxをインストールする。
- /opt/intel/i*.*shを確認し、最新版に正しくリンクを張り直す。このファイルは各ノードの/etc/profile.d/i*.*shからシンボリックリンクが貼られており、ログイン時に自動的にbash、cshに反映される。

*** 新規ユーザーを追加する [#ja2caf25]

- ebiでスーパーユーザになり以下を実行。

    # /usr/sbin/useradd USERNAME
    # passwd USERNAME
    # cd /var/yp; make

*** NISの設定 [#y0e1a9e1]

- ebiはNISのプライマリサーバー

    NISドメイン：　jstcrestmss
    NISサーバー(Primary)：　ebi: 10.249.84.174, 172.16.2.201
    NISサーバー(Secondary)：　tako: 10.249.84.173, 172.16.2.20

*** NFSの設定 [#x0f6884e]

- ebi:/homeは10.249.84.0/255.255.255.0に対してNFSマウントを許可している。
- ebiとホームディレクトリを共有にしたければクライアントマシンでNFSの設定を行う。

*** SAMBA [#hafc2aaa]

- Workgroup => HYMD
- ウインドウズマシンからパスワードなしでファイルを参照したければSambaにパスワードを登録する。

    SWATによる設定 [WWW]
    ウインドウズマシンからファイルを参照したければ、
    SWAT->PASSWARD->ローカルマシンのパスワード管理->新規ユーザー追加