// mssonly * 共通計算機の使用マニュアル [#v27ed8ef] *** MSSプロジェクト計算機ネットワーク[10.249.84.0/255.255.255.0]への到達方法 [#g6ec5bf2] - まず、GWマシン anago.cheme.kyoto-u.ac.jp [133.3.134.16] へssh - 次に、anagoから ebi [10.249.84.201] へssh - ebi からGrid Engineを使用して計算ジョブを投入 *** tako**へのジョブの投入 [#r4fd19d7] -キューの種類 (オプション -q で指定) ~''small.q'' : 主にシングルCPU計算用。使用するノードはtako01--03。 ~''middle.q'' : 並列計算用。OpenMPとMPIに対応。16CPU以下であれば使用するCPUの数に特に規定はなし。並列環境オプション( -pe ) はそれぞれopenmp, mpi(予定)。 ノードはtako04, 05。 ~''large.q'' : 大規模並列計算用。OpenMP, Cluster-OpenMP, MPIに対応。CPUの数は必ず''8の倍数''に設定する。並列環境オプション( -pe )はそれぞれopenmp-8, cluster-openmp-8, mpi-8(予定)。ノードはtako00,06--09,0a。 -スクリプトファイル >middle.qで4CPUのOpenMPの計算を投げる場合 #!/bin/csh #$ -N username #ジョブ名の指定 #$ -cwd #カレントディレクトリでジョブを実行 #$ -j y #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存 #$ -q middle.q #使用キューの指定 #$ -pe openmp 4 #並列環境と使用プロセス数の指定 # run ./a.out >large.qで24CPUのCluster-OpenMPの計算を投げる場合 #!/bin/csh #$ -N username #ジョブ名の指定 #$ -cwd #カレントディレクトリでジョブを実行 #$ -j y #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存 #$ -q large.q #使用キューの指定 #$ -pe cluster-openmp-8 24 #並列環境と使用プロセス数の指定 # make initial file echo -n "--hostlist=" > kmp_cluster.ini awk '{ printf $1"," }' $PE_HOSTFILE >> kmp_cluster.ini echo "--process_threads=8" >> kmp_cluster.ini # run ./a.out -ジョブの投入と管理 ~''qsub'': ジョブの投入コマンド。例えば,スクリプトファイル run.csh を投入する場合 qsub run.csh ~''qstat'': ジョブの状態を確認。 ~''qhost'': ノードの状態を確認。 *** Intelコンパイラのバージョンアップメモ [#m8dddb11] - C++ for Linux、Fortran for Linux、Cluster Tool Kit for Linuxをインストールする。 - /opt/intel/i*.*shを確認し、最新版に正しくリンクを張り直す。このファイルは各ノードの/etc/profile.d/i*.*shからシンボリックリンクが貼られており、ログイン時に自動的にbash、cshに反映される。 *** 新規ユーザーを追加する [#ja2caf25] - ebiでスーパーユーザになり以下を実行。 # /usr/sbin/useradd USERNAME # passwd USERNAME # cd /var/yp; make *** NISの設定 [#y0e1a9e1] - ebiはNISのプライマリサーバー NISドメイン: jstcrestmss NISサーバー(Primary): ebi: 10.249.84.174, 172.16.2.201 NISサーバー(Secondary): tako: 10.249.84.173, 172.16.2.20 *** NFSの設定 [#x0f6884e] - ebi:/homeは10.249.84.0/255.255.255.0に対してNFSマウントを許可している。 - ebiとホームディレクトリを共有にしたければクライアントマシンでNFSの設定を行う。 *** SAMBA [#hafc2aaa] - Workgroup => HYMD - ウインドウズマシンからパスワードなしでファイルを参照したければSambaにパスワードを登録する。 SWATによる設定 [WWW] ウインドウズマシンからファイルを参照したければ、 SWAT->PASSWARD->ローカルマシンのパスワード管理->新規ユーザー追加