共通計算機の使用マニュアル †

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MSSプロジェクト計算機ネットワーク[10.249.84.0/255.255.255.0]への到達方法 †

  • まず、GWマシン anago.cheme.kyoto-u.ac.jp [133.3.134.16] へssh
  • 次に、anagoから ebi [10.249.84.201] へssh
  • ebi からGrid Engineを使用して計算ジョブを投入
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tako**へのジョブの投入 †

  • キューの種類 (オプション -q で指定)

    small.q : 主にシングルCPU計算用。使用するノードはtako01--03。

    middle.q : 並列計算用。OpenMPとMPIに対応。16CPU以下であれば使用するCPUの数に特に規定はなし。並列環境オプション( -pe ) はそれぞれopenmp, mpi(予定)。 ノードはtako04, 05。

    large.q : 大規模並列計算用。OpenMP, Cluster-OpenMP, MPIに対応。CPUの数は必ず8の倍数に設定する。並列環境オプション( -pe )はそれぞれopenmp-8, cluster-openmp-8, mpi-8(予定)。ノードはtako00,06--09,0a。

  • スクリプトファイルの例

    middle.qで4CPUのOpenMPの計算を投げる場合

       #!/bin/csh
   #$ -N username              #ジョブ名の指定
   #$ -cwd                     #カレントディレクトリでジョブを実行
   #$ -j y                     #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
   #$ -q middle.q              #使用キューの指定
   #$ -pe openmp 4             #並列環境と使用プロセス数の指定
   # run
   ./a.out

    large.qで24CPUのCluster-OpenMPの計算を投げる場合

       #!/bin/csh
   #$ -N username              #ジョブ名の指定
   #$ -cwd                     #カレントディレクトリでジョブを実行
   #$ -j y                     #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
   #$ -q large.q               #使用キューの指定
   #$ -pe cluster-openmp-8 24  #並列環境と使用プロセス数の指定
   # make initial file
   echo -n "--hostlist=" > kmp_cluster.ini
   awk '{ printf $1"," }' $PE_HOSTFILE >> kmp_cluster.ini
   echo "--process_threads=8" >> kmp_cluster.ini
   # run
   ./a.out
  • ジョブの投入と管理

    ジョブの投入はebiから行います。Grid Engineの基本的なコマンドは以下のようです。

    qsub: ジョブの投入コマンド。例えば，スクリプトファイル run.csh を投入する場合

       qsub run.csh

    qstat: ジョブの状態を確認。

    qhost: ノードの状態を確認。

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Intelコンパイラのバージョンアップメモ †

  • C++ for Linux、Fortran for Linux、Cluster Tool Kit for Linuxをインストールする。
  • /opt/intel/i*.*shを確認し、最新版に正しくリンクを張り直す。このファイルは各ノードの/etc/profile.d/i*.*shからシンボリックリンクが貼られており、ログイン時に自動的にbash、cshに反映される。
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新規ユーザーを追加する †

  • ebiでスーパーユーザになり以下を実行。
   # /usr/sbin/useradd USERNAME
   # passwd USERNAME
   # cd /var/yp; make
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NISの設定 †

  • ebiはNISのプライマリサーバー
   NISドメイン：　jstcrestmss
   NISサーバー(Primary)：　ebi: 10.249.84.174, 172.16.2.201
   NISサーバー(Secondary)：　tako: 10.249.84.173, 172.16.2.20
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NFSの設定 †

  • ebi:/homeは10.249.84.0/255.255.255.0に対してNFSマウントを許可している。
  • ebiとホームディレクトリを共有にしたければクライアントマシンでNFSの設定を行う。
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SAMBA †

  • Workgroup => HYMD
  • ウインドウズマシンからパスワードなしでファイルを参照したければSambaにパスワードを登録する。
   SWATによる設定 [WWW]
   ウインドウズマシンからファイルを参照したければ、
   SWAT->PASSWARD->ローカルマシンのパスワード管理->新規ユーザー追加