- The added line is THIS COLOR.
- The deleted line is THIS COLOR.
// mssonly
* 共通計算機の使用マニュアル [#v27ed8ef]
*** MSSプロジェクト計算機ネットワーク[10.249.84.0/255.255.255.0]への到達方法 [#g6ec5bf2]
- まず、GWマシン anago.cheme.kyoto-u.ac.jp [133.3.134.16] へssh
- 次に、anagoから ebi [10.249.84.201] へssh
- ebi からGrid Engineを使用して計算ジョブを投入
*** tako**へのジョブの投入 [#r4fd19d7]
-キューの種類 (オプション -q で指定)
~''small.q'' : 主にシングルCPU計算用。使用するノードはtako01--03。
~''middle.q'' : 並列計算用。OpenMPとMPIに対応。16CPU以下であれば使用するCPUの数に特に規定はなし。並列環境オプション( -pe ) はそれぞれopenmp, mpi(予定)。 ノードはtako04, 05。
~''large.q'' : 大規模並列計算用。OpenMP, Cluster-OpenMP, MPIに対応。CPUの数は必ず''8の倍数''に設定する。並列環境オプション( -pe )はそれぞれopenmp-8, cluster-openmp-8, mpi-8(予定)。ノードはtako00,06--09,0a。
-スクリプトファイルの例
>middle.qで4CPUのOpenMPの計算を投げる場合
#!/bin/csh
#$ -N username #ジョブ名の指定
#$ -cwd #カレントディレクトリでジョブを実行
#$ -j y #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
#$ -q middle.q #使用キューの指定
#$ -pe openmp 4 #並列環境と使用プロセス数の指定
# run
./a.out
>large.qで24CPUのCluster-OpenMPの計算を投げる場合
#!/bin/csh
#$ -N username #ジョブ名の指定
#$ -cwd #カレントディレクトリでジョブを実行
#$ -j y #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
#$ -q large.q #使用キューの指定
#$ -pe cluster-openmp-8 24 #並列環境と使用プロセス数の指定
# make initial file
echo -n "--hostlist=" > kmp_cluster.ini
awk '{ printf $1"," }' $PE_HOSTFILE >> kmp_cluster.ini
echo "--process_threads=8" >> kmp_cluster.ini
# run
./a.out
-ジョブの投入と管理
~ジョブの投入は''ebi''から行います。Grid Engineの基本的なコマンドは以下のようです。
~''qsub'': ジョブの投入コマンド。例えば,スクリプトファイル run.csh を投入する場合
qsub run.csh
~''qstat'': ジョブの状態を確認。
~''qhost'': ノードの状態を確認。
*** Intelコンパイラのバージョンアップメモ [#m8dddb11]
- C++ for Linux、Fortran for Linux、Cluster Tool Kit for Linuxをインストールする。
- /opt/intel/i*.*shを確認し、最新版に正しくリンクを張り直す。このファイルは各ノードの/etc/profile.d/i*.*shからシンボリックリンクが貼られており、ログイン時に自動的にbash、cshに反映される。
*** 新規ユーザーを追加する [#ja2caf25]
- ebiでスーパーユーザになり以下を実行。
# /usr/sbin/useradd USERNAME
# passwd USERNAME
# cd /var/yp; make
*** NISの設定 [#y0e1a9e1]
- ebiはNISのプライマリサーバー
NISドメイン: jstcrestmss
NISサーバー(Primary): ebi: 10.249.84.174, 172.16.2.201
NISサーバー(Secondary): tako: 10.249.84.173, 172.16.2.20
*** NFSの設定 [#x0f6884e]
- ebi:/homeは10.249.84.0/255.255.255.0に対してNFSマウントを許可している。
- ebiとホームディレクトリを共有にしたければクライアントマシンでNFSの設定を行う。
*** SAMBA [#hafc2aaa]
- Workgroup => HYMD
- ウインドウズマシンからパスワードなしでファイルを参照したければSambaにパスワードを登録する。
SWATによる設定 [WWW]
ウインドウズマシンからファイルを参照したければ、
SWAT->PASSWARD->ローカルマシンのパスワード管理->新規ユーザー追加