MSS Homepage :: Backup of jp/ComputerManuals(No. 15)

共通計算機の使用マニュアル †

GWマシン anago [133.3.134.16] について †

学外からMSS_Project_LAN[10.249.84.0/255.255.255.0]へanago.cheme.kyoto-u.ac.jp [133.3.134.16] を経由して到達するには、以下の２つの方法がある。いずれもanagoのrootで作業する必要があるので、希望者は管理者(山本量一:ryoichi@cheme.kyoto-u.ac.jp)に連絡すること。

アカウントの追加はsuになり以下の通り。
```
   /usr/sbin/useradd -m new_user
   passwd new_user
```

パスワードの変更は各自のIDでログイン後に以下のようにする。
```
   passwd
```

Linuxからの接続は以下のようにする。

   ssh anago.cheme.kyoto-u.ac.jp

　　又は

   ssh new_user@anago.cheme.kyoto-u.ac.jp

Windowsからの接続はコマンドプロンプトから以下のようにする、あるいはSSHのクライアントソフトを別途インストールする。
```
   ssh2 anago.cheme.kyoto-u.ac.jp
```
　　又は
```
   ssh2 new_user@anago.cheme.kyoto-u.ac.jp
```

OpenVPN

クライアントマシンの追加は以下の様に行う。

クライアントマシンへのOpenVPNのインストール(OpenVPN GUI for Windows日本語版, 公式サイト)

anagoでの作業(クライアント証明書・秘密鍵作成)

 rootで作業
   
   # cd /etc/openvpn/easy-rsa
   # source vars
   NOTE: If you run ./clean-all, I will be doing a rm -rf on /etc/openvpn/easy-rsa/keys
   # ./build-key your_client_name
   Generating a 1024 bit RSA private key
   ..............................++++++
   ........++++++
   writing new private key to 'your_client_name.key'
   -----
   You are about to be asked to enter information that will be incorporated
   into your certificate request.
   What you are about to enter is what is called a Distinguished Name or a DN.
   There are quite a few fields but you can leave some blank
   For some fields there will be a default value,
   If you enter '.', the field will be left blank.
   -----
   Country Name (2 letter code) [JP]:
   State or Province Name (full name) [Kyoto]:
   Locality Name (eg, city) [Kyoto]:
   Organization Name (eg, company) [anago.cheme.kyoto-u.ac.jp]:
   Organizational Unit Name (eg, section) []:
   Common Name (eg, your name or your server's hostname) [your_client_name]:
   Email Address [ryoichi@cheme.kyoto-u.ac.jp]:
   
   Please enter the following 'extra' attributes
   to be sent with your certificate request
   A challenge password []:
   An optional company name []:
   Using configuration from /etc/openvpn/easy-rsa/openssl.cnf
   Check that the request matches the signature
   Signature ok
   The Subject's Distinguished Name is as follows
   countryName           :PRINTABLE:'JP'
   stateOrProvinceName   :PRINTABLE:'Kyoto'
   localityName          :PRINTABLE:'Kyoto'
   organizationName      :PRINTABLE:'anago.cheme.kyoto-u.ac.jp'
   commonName            :T61STRING:'your_client_name'
   emailAddress          :IA5STRING:'ryoichi@cheme.kyoto-u.ac.jp'
   Certificate is to be certified until Feb 23 05:32:19 2018 GMT (3650 days)
   Sign the certificate? [y/n]:y
   
   
   1 out of 1 certificate requests certified, commit? [y/n]y
   Write out database with 1 new entries
   Data Base Updated

クライアントマシンでの作業1(CA証明書、クライアント証明書・秘密鍵、TLS認証鍵設置)

 サーバー側から以下のファイルをクライアント側へ持ち込み、
 設定ファイル格納フォルダ(C:\Program Files\OpenVPN\config)へ格納する。
   
   CA証明書(/etc/openvpn/ca.crt)
   クライアント証明書(/etc/openvpn/easy-rsa/keys/your_client_name.crt)
   クライアント秘密鍵(/etc/openvpn/easy-rsa/keys/your_client_name.key)
   TLS認証鍵(/etc/openvpn/ta.key)

クライアントマシンでの作業2(クライアント設定ファイル(C:\Program Files\OpenVPN\config\*.ovpn)の作成)

anago_tap.ovpn

 サンプルの設定ファイルanago_tap.ovpnを以下のように変更する。
 
 クライアント証明書・秘密鍵の名前を変更する。
   cert your_client_name.crt
   key your_client_name.key
   
 この２行はWindows XP以前では不要。Vistaではこれがないと動かない。
   route-method exe
   route-delay 2

Windowsからの接続手順

OpenVPN GUIを管理者権限で起動する。

タスクバー上のOpenVPN GUIアイコンを右クリックする。

作成した設定ファイル(*.ovpn)を選択して「接続」する。終了するには「切断」する。

コマンドプロンプトで ping 10.249.84.174が通ればOK。

接続が完了すると、クライアントマシンはMSS_Project_LANに直接繋がっているかのように振る舞う。MSS_Project_LANの設定は以下の通り。

   network: 10.249.84.0/255.255.255.0
   subnetmask: 255.255.255.0
   default gateway: 10.249.84.254
   DNS server: 10.224.253.1, 10.224.254.1
   web proxy: proxy.kuins.net:8080
   (自動設定 http://wpad.kuins.net/proxy.pac)
   smtp: semdmail.kuins.net

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ホストマシン ebi [10.249.84.174] について(ファイルサーバー、コンパイル、ジョブの投入) †

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File System †

ユーザーデータ
/home/user_name/　　ホームディレクトリ(4.3TB)

/home1/user_name/　　大きなデータの保管領域(16.9TB)

/home2/temp/user_name/　　作業領域、データの一時保管領域(3.3TB)

アプリケーション
/opt/intel/　　インテルコンパイラ

/usr/sge/　　Sun Grid Engine

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tako, ikaへのジョブの投入 †

キューの種類 (オプション -q で指定)
small.q : 主にシングルCPU計算用。使用するノードはtako01--03。

middle.q : 並列計算用。OpenMPとMPIに対応。16CPU以下であれば使用するCPUの数に特に規定はなし。並列環境オプション( -pe ) はそれぞれopenmp, mpi。ノードはtako04, 05。

large.q : 大規模並列計算用。OpenMP, Cluster-OpenMP, MPIに対応。CPUの数は必ず8の倍数に設定する(最大48)。並列環境オプション( -pe )はそれぞれopenmp-8, cluster-openmp-8, mpi-8。ノードはtako00,06--09,0a。

ika.q : Core-i7ノードへのジョブ投入。使用するノードはika00--11。並列環境オプション(-pe)はopenmp, openmp-4, cluster-openmp-4。

スクリプトファイル (run.sh) の例

middle.qで4CPUのOpenMPの計算を投げる場合 *1

   #!/bin/sh
   #$ -S /bin/sh          #シェルの指定
   #$ -N username     #ジョブ名の指定
   #$ -cwd                   #カレントディレクトリでジョブを実行
   #$ -j y                       #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
   #$ -q middle.q        #使用キューの指定
   #$ -pe openmp 4   #並列環境と使用プロセス数の指定
   # run
   ./a.out

middle.qでMPIの計算を投げる場合

  #!/bin/sh
  #$ -S /bin/sh
  #$ -N username
  #$ -cwd
  #$ -j y
  #$ -q middle.q
  #$ -pe mpi 16
  #
  echo "=== START ==="
  date
  awk '{print $1;}' $PE_HOSTFILE > mpd.hosts　　#並列環境のホスト名を取得
  mpdboot -n 2 -f mpd.hosts　　　　　　　　　　#各ホストでmpdを起動
  mpiexec -n 16 -env I_MPI_DEVICE sock ./a.out　#MPI計算の実行
  mpdallexit　　　　　　　　　　　　　　　　　　#mpdの終了
  echo "=== END ==="
  date

large.qで24CPUのCluster-OpenMPの計算を投げる場合 *2

   #!/bin/sh
   #$ -S /bin/sh         #シェルの指定
   #$ -N username    #ジョブ名の指定
   #$ -cwd                   #カレントディレクトリでジョブを実行
   #$ -j y                      #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
   #$ -q large.q           #使用キューの指定
   #$ -pe cluster-openmp-8 24  #並列環境と使用プロセス数の指定
   # make initial file (kmp_cluster.ini)
   echo -n "--hostlist=" > kmp_cluster.tmp
   awk '{ printf $1",";}' $PE_HOSTFILE >> kmp_cluster.tmp
   echo "--process_threads=8" >> kmp_cluster.tmp
   sed 's/,--process_threads/ --process_threads/g' kmp_cluster.tmp > kmp_cluster.ini
   rm kmp_cluster.tmp
   # run
   ./a.out

ジョブの投入と管理
ジョブの投入はebiから行います。Grid Engineの基本的なコマンドは以下のようです。

qsub: ジョブの投入コマンド。例えば，スクリプトファイル run.sh を投入する場合
```
   qsub run.sh
```
qstat: ジョブの状態を確認。

qhost: ノードの状態を確認。

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Intelコンパイラのバージョンアップメモ †

C++ for Linux、Fortran for Linux、Cluster Tool Kit for Linuxをインストールする。
/opt/intel/i*.*shを確認し、最新版に正しくリンクを張り直す。このファイルは各ノードの/etc/profile.d/i*.*shからシンボリックリンクが貼られており、ログイン時に自動的にbash、cshに反映される。

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新規ユーザーを追加する †

ebiでスーパーユーザになり以下を実行。

   # /usr/sbin/useradd -m USERNAME
   # passwd USERNAME
   # cd /var/yp; make

パスワードの変更は、各自のアカウントでログイン後に以下のコマンドで行なう。

   yppasswd

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NISの設定 †

ebiはNISのプライマリサーバー

   NISドメイン：　jstcrestmss
   NISサーバー(Primary)：　ebi: 10.249.84.174, 172.16.2.201
   NISサーバー(Secondary)：　tako: 10.249.84.173, 172.16.2.20

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NFSの設定 †

ebi:/homeは10.249.84.0/255.255.255.0に対してNFSマウントを許可している。
ebiとホームディレクトリを共有にしたければクライアントマシンでNFSの設定を行う。

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SAMBA †

Workgroup => HYMD
ウインドウズマシンからパスワードなしでファイルを参照したければSambaにパスワードを登録する。

   SWATによる設定 [http://10.249.84.174:901/]
   ウインドウズマシンからファイルを参照したければ、
   SWAT->PASSWARD->ローカルマシンのパスワード管理->新規ユーザー追加